Phoenix foi um dedicado ativista pelo direito dos animais, ambientalista e político. Ele fez campanha para a PETA, e ganhou o prêmio de “Humanitário do Ano” em 1990 por seu esforço na angariação de fundos. Ele também comprou 800 acres (3,2 km²) da floresta tropical ameaçada na Costa Rica. Phoenix ficou famoso por usar o seu nome e poder dentro dos meios de comunicação para expressar suas convicções e opiniões sobre questões importantes. No “Dia da Terra” de 1990 Phoenix escreveu um ensaio de sensibilização ambiental, dirigido aos jovens, intitulado “We Are the World”, que foi impresso na revista Seventeen. Ele e sua banda frequentemente desempenhavam shows ambientais beneficentes em locais em torno de Gainesville, Flórida. Seu irmão Joaquin é agora um proeminente porta-voz da PETA e segue a tradição familiar de boicotar todos os produtos de origem animal em sua obra cinematográfica.